Русские казаки, считавшие себя защитниками православия, выступили против Люблинской унии 1569 г. и польской колониальной политики. На Русской оукрайне заполыхали восстания под предводительством не реестрового казака Северина Наливайко и гетмана реестровых казаков Григория Лободы.
Восстание Северина Наливайко 1594—1596 годов.
Русская окрайна ответила на польскую колониальную политику масштабным сопротивлением польской оккупации — восстаниями, превратившимися в казацко-крестьянскую войну. В 1591–1593 гг. восстание поднял гетман Косинский. Казацко-крестьянская война охватила Киевское, Волынское, Брацлавское и Подольское воеводства.
Поляки вероломно убили гетмана Косинского, но с казачьим войском запорожцев полякам пришлось замириться. Полякам была нужна защита от мощных набегов крымских татар, опустошавших Речь Посполитую.
Варшава заключила союз с римским престолом и Священной Римской империей, выступив против Турции.
Император Священной Римской империи, король Богемии, Венгрии, Австрии Рудольф II Габсбург (1552 — 1612), предлагал и России вступить в антитурецкий союз и просил прислать на помощь донских казаков. Против Турции — общего врага, выступили и запорожцы, предприняли военные рейды на Очаков, Крым и Дунай.
Походы запорожцев в Крымское ханство и Османскую империю преследовали цель не только мести и захвата военной добычи, но и освобождения пленных (полона), предназначенного для продажи в рабство.

Взятие казаками Кафы в 1616 г.
Первые босфорские походы. Самые крупные походы запорожских казаков были предприняты в 1589, 1604, 1614, 1615-1616 году на побережье Крыма, Болгарии и Османской империи; захват городов и крепостей Евпатория, Очаков, Перекоп, Варна, Трапезунд, Синоп и др.).
В 1615 запорожцы на 80 «чайках» появились у Стамбула и сожгли портовые сооружения.

Король Польский и великий князь Литовский Сигизмунд III
Польский король Сигизмунд III (1566 -1632) воспитан иезуитами в католическом духе, последовательный сторонник реставрации католицизма в Речи Посполитой, ущемлял права как православных, так и протестантов. В 1596 году по приказу Сигизмунда III в Бресте был созван церковный собор.
Церковный собор в Бресте сразу же раскололся на две непримиримые партии, которые заседали отдельно и вынесли противоположные решения.
Первая, во главе с митрополитом Киевским и Галицким Михаилом Рогозой (Рагоза) – постановила принять унию с латинской церковью и прокляла её противников. Вторая – лишила Рогозу сана митрополита и попросила короля Сигизмунда III назначить нового митрополита и не чинить насилия в делах веры.

Берестье (Брест) в XVI-XVII столетиях
Совместно с иезуитами польско-литовский король Сигизмунд III поддержал подписание Брестской унии 1596 г. — соглашения по которому духовенство православной Киевской митрополии присоединилось к католической церкви, – подчинилось верховной власти папы Римского и приняло католическое вероучение. Условия Брестской унии были определены в одностороннем порядке конституцией папы Римского Климента VIII (1592–1605) от 23.12.1595. Православные Киевской митрополии должны были подчиниться власти папы и принять католическое вероучение; при этом они могли сохранить свои особые обряды, если они не противоречили учению католической церкви.Это вело ко всё большему обострению отношений между православными, с одной стороны, и униатами и поддерживавшей их государственной властью – с другой. Официально Брестская уния была расторгнута на церковном соборе 1946 во Львове.
Король Сигизмунд III предписал всем православным подчиняться митрополиту Рогозе как законному главе русской униатской церкви. Начались захваты имущества православной церкви, земли, храмов, погромы униатами и католиками «непримиримых» русских церквей и монастырей.
В 1594 году православные русские казаки снова восстали. Начал восстание (1594–1596 г.г.) казацкой бедноты, крестьян и мещан на Правобережной Украине Северин (Семерин) Наливайко, который ранее служил князю Острожскому и ходил с казаками против турок и татар в Молдавию.
В 1595 году к восстанию православных казаков присоединились запорожцы «реестровые казаки» под командованием гетмана Григория Лободы.
Осенью 1594 казаки перебили польскую шляхту в Брацлаве, захватили Бар, Винницу и другие города, по ходу движения войска на соединение с восставшими белорусскими крестьянами. Был издан казацкий универсал повстанцев, который призывал русский народ к восстанию против магнатов и польской шляхты. Восстание поддерживали широкие народные слои и оно быстро расширилось.
В 1595 году отряды Наливайко пошли на Волынь, взяли Луцк. Восставшие поголовно истребляли панов, ксендзов (польский католический священник) и вообще католиков. Повстанцы захватили Могилёв, вызвав волну бунтов в Белой Руси. Наливайко послал письмо королю Сигизмунду III, предлагал выделить казакам свободные земли в междуречье Буга и Днестра ниже Брацлава. Одновременно войска гетмана Лободы наступали на Белую Церковь. Запорожцы Матвея Шаула (Савула) вошли в Киев.
Острый Камень и Солоница
Русское восстание расширялось и принимало опасный размах. Король Сигизмунд III вызвал войска из Молдавии, поручил коронному гетману Станиславу Жолкевскому подавить мятеж в Юго-Западной Руси (Русской окраине). К Жолкевскому присоединились отряды магнатов, из Литвы наступал воевода Буйвид.
В марте 1596 года войско казаков Наливайко и Шаулы были разгромлены под Белой Церковью передовым польским отрядом князя Ружинского.
Вскоре в Белую Церковь вошли основные силы польской армии под началом Жолкевского – 12 тысяч человек и 24 пушки. Поляки атаковали укрепленный лагерь казаков близ урочища Острый Камень. Запорожцы умело возводили хорошо укреплённые станы, с рядами возов, обнесённых валом и рвом, на которых ставили пушки. Силы казаков повстанческой армии Наливайко насчитывали 7 тысяч бойцов при 20 пушках. Атаки польской армии Жолкевского на казацкие укрепления были отражены. Обе стороны понесли тяжёлые потери, погиб полковник Сасько (Сашко), был тяжело ранен Шаула. Польские войска отошли от урочища и казаки смогли отступить.

Левобережье Днепра — Гетманщина в 17 веке
Под давлением превосходящих сил противника казаки отошли на Левобережье Днепра. Ситуация усугублялась конфликтом Наливайко и Лободы. Гетмана Лободу поддерживали «реестровые казаки», Наливайко – казацкая «чернь». Коронный гетман Жолкевский предлагал гетману Лободе начать переговоры, за это простые казаки обвинили гетмана Лободу в измене, как сторонника переговоров со шляхтой. Гетман Лобода был убит простыми казаками — «чернью» во время осады казацкого лагеря поляками в урочище Солоница около Лубен.
В мае 1596 года польские войска смогли окружить казаков в урочище Солоница. В казацком стане было около 10 тысяч человек, из них 6 тысяч бойцов и члены их семей, раненые. Осада урочище Солоница длилась почти две недели. Казаки несли большие потери от обстрелов, не хватало продовольствия и воды, начался массовый падёж лошадей.
Не выдержавшие осады поляков, «реестровые казаки» совершили предательство, они схватили Наливайко, Шаулу и других вожаков «черни» и выдали их польским панам. Поляки обманули «реестровых казаков», и никакой им амнистии за предательство не было. Польские войска атаковали деморализованных казаков и вырезали несколько тысяч человек, включая женщин и детей. Только отряд «реестровых казаков» полковника Кремпского смог вырваться из окружения и дойти до Запорожской Сечи.
Наливайко, Шаула и другие вожаки повстанцев были отправлены в Варшаву, где они были казнены 11 апреля 1597 года после жестоких пыток. Против казаков вводились дополнительные меры. Шляхте Киевского, Брацлавского и Волынского воеводств был поручен надзор за казаками, приказ предписывал арестовывать всех подозрительных, разгонять любые группы, даже небольшие по 5–6 человек, прекратить всякие сношения с Русской окрайной и Запорожьем.
Однако выступления против Брестской унии не прекращались, были восстания в Добровнице (1601 год), Остре (1602 год), Брацлаве и Корсуни (1607 год). Польский Сейм предписал «беспощадные кары» за любые выступления. Король Сигизмунд хотел вообще покончить с казачеством, приказал уменьшить реестр до 1 тысяч казаков и собирался разорить Запорожскую Сечь. Конфликты с соседними странами и оппозиция магнатов не позволили выполнить этот план.
Сначала полякам удавалось подавлять восстание Юго-Западной Руси. Вождей и пойманных повстанцев подвергали жутким пыткам и казням: четвертовали, вешали на крюках под ребро, сажали на кол, сжигали живьём. Поляки разоряли и выжигали русские селения. Польский террор на некоторое время стабилизировал ситуацию, но вскоре начиналось новое восстание.