Боспорское царство в 107-63 гг. до н.э. находилось в составе Всепонтийской державы Митридата VI Евпатора. Для владыки Понта — Митридата в войне с Римом за гегемонию в Средиземноморье Боспорское царство стало важнейшим стратегическим пунктом, через который осуществлялся его контроль над всем Северным Причерноморьем. Поражение понтийского царя и его гибель в Пантикапее стали теми событиями, которые подвели итог более чем пятивековому развитию Боспорского царства.
Время господства над Боспором царя Понта Митридата (107-63 гг. до н.э.) наполнено разнообразными событиями и явлениями, в высшей степени важными для понимания последующей римской эпохи. Есть основания считать, что местные племена, прежде всего скифы и ахейцы, не смирились с потерей своего влияния на Боспоре.
Именно в этом ключе следует трактовать скифское восстание во главе с Савмаком (107 г. до н.э.), до сих пор занимающее столь знаменитое место в отечественной историографии. Выступление скифов, как известно, было подавлено понтийским полководцем Диофантом.
Неоптолем, другой полководец Митридата VI Евпатора , одержал две победы над варварами на Боспоре Киммерийском (в Керченском проливе) — одну в морском сражении, а другую в конном сражении, происшедшем зимой, когда воды пролива были скованы льдом. Очень вероятно, что противниками полководца Неоптолема были ахейцы и другие пиратствующие племена Северо-Западного Кавказа.
В Понтийском государстве Митридата VI Евпатора Боспор занимал очень важное место, как пункт поставок для армии местных военных формирований, а также для снабжения продовольствием, амуницией и пр.
Владыка Понта Митридат VI Евпатор сделал многое для подготовки своих боспорских владений к войне с Римом, возводя здесь укрепления и создавая фонд царских земель. Именно в 80-60-х гг. до н.э. на Боспоре зарождается эллинистическая государственность.
Митридатовы войны, разразившиеся между Понтом и Римом за гегемонию в Средиземноморье, имели для Боспора весьма негативные последствия. Уже после Первой войны Боспор отпал от царя Митридата, вероятно, по вине варваров, а не греков.
Источники, имеющиеся в нашем распоряжении, позволяют предполагать, что это были те же самые скифы и ахейцы, которые и ранее боролись с понтийским царём Митридатом, стремясь сохранить своё влияние на Боспоре. Бытующее представление, что именно скифы были самой важной силой в политике Митридата VI Евпатора в северном Причерноморье, что они были его основной опорой и т.п., сильно преувеличено. Самыми надежными союзниками владыки Понта Митридата были меото-сарматские племена Прикубанья, сарматы, бастарны и некоторые другие. По берегам Миотиды (Азоское море) жили миоты, сарматы и синды. Синдикой, то есть землёй синдов именовались земли бассейна реки Кубань и часть Северного Причерноморья. Название реки Кубань происходит от древнегреческого слова «Гопанис» (Гипанис) – «конская река», «буйная река».
Лингвист Трубачёв видит очевидное повторение самоназвания приазовских индоарийских меотов — эпиграфическое МАIТАI, в названии хуррито-арийского государства на севере Месопотамии Митанни, точнее Маitanni (maita-«меоты” + хурритский формант -nni), и утверждает, что приазовские меоты участвовали в создании митаннийской государственности. Субсклад R1a-Z93 является маркером исторических народов, таких как индо-ариев, персов, Мидии, Митанни (откуда родом загадочная Нефертити), и проникнут генофонд арабов и евреев.
Поражение Митридата VI в последней войне против Рима привело к его бегству на Боспор, ставший центром подготовки задуманного им Итальянского похода. Бремя предыдущих неудачных войн Митридата с Римом и приготовления к новой войне с римлянами, а также хорошо продуманные действия римлян закономерно привели к ситуации, в которой греческие города Боспорского царства и даже царская армия Митридата подняли восстание против него.
Любопытно, однако, что племена Северного Причерноморья,вовсе не приняли в участия в войне. Смерть Митридата VI в 63 г. до н.э. в такой ситуации стала важным показателем окончания крупного этапа в историческом развитии Боспорского царства и одновременно начала нового.